青蛙搬家过程中遇到了以下困难：

遇到蛇的威胁

青蛙爸爸一想到蛇会一口吞下青蛙，就开始浑身发抖，说明蛇是青蛙的天敌，直接威胁到青蛙的生命安全。

被老鹰叼走

青蛙爸爸被老鹰叼走时，小青蛙们用脚拉扯但无济于事，最终老鹰因疲惫松口，青蛙一家险些被吞食。

数量庞大的青蛙群体管理

当青蛙数量达到1001只时，它们被老鹰叼起时像巨大的风筝，难以控制。虽然老鹰最终松口，但这一情节展示了群体管理的困难。

环境适应问题

在新家池塘中，青蛙们发现水质污染严重，鱼虾死亡、河水恶臭，迫使它们再次寻找新居。

这些困难共同体现了青蛙在搬家过程中面临的天敌威胁、群体协作挑战以及环境适应问题。