黔金丝猴的毛色特征具有显著的两侧差异，具体表现为：

特征性斑纹

额部、鼻部、肩背及四肢内侧为浅蓝色或灰白色，形成鲜明对比。

肩背特征：

最显著的是肩背部有一块大块椭圆形的灰白色斑块，是“灰金丝猴”或“白肩金丝猴”名称的由来。

尾巴特征：尾基深灰色，尾端为白色或黄白色，类似毛笔。

幼体与成年差异

幼体毛色较浅，呈银灰色，头顶灰色，尾深灰至黄白色。

其他说明

黔金丝猴的毛色差异与黑色素中的褐黑素比例有关：褐黑素含量高时呈现金色毛发（如川金丝猴），含量低则呈现黑色或深灰色毛发。黔金丝猴是唯一一种兼具金毛和黑毛的物种，具有极高的科研价值。