海关查出蜥蜴的处理方式需根据具体情况和法律法规进行，主要分为以下几种情况：

一、合法携带入境的处理

违规携带处理

未经检疫或超出携带数量限制的活体动物，通常会被 截留并移交检验检疫部门。例如：

个人携带：

深圳海关曾查获12只安汶斑帆蜥，因未申报被截留并移交。

货物运输：木材集装箱中发现蜥蜴时，会进行取样送检。

二、违法运输或走私的处理

若蜥蜴为非法走私品或未经检疫，可能被 没收并依法处罚走私者。

生态保护措施

合法获查的野生动物通常会被转移至 野生动物保护中心或释放至适宜自然环境。

三、其他注意事项

禁止自行处理：

切勿尝试自行释放或购买野生动物，以免违反法律法规。

旅客责任：除宠物外，其他活体动物均不允许随身携带入境。

四、相关法律法规

我国《生物安全法》规定，未经批准，任何单位和个人不得擅自引进、释放外来物种，违者将面临法律责任。

以上处理方式均依据《中华人民共和国进出境动植物检疫法》及海关监管要求执行，旨在保护生态安全和公共卫生。