处理陆龟粪便并利用其作为天然肥料的方法如下：

一、粪便清理方法

吸便器或水枪：通过吸管或水枪吸出表层粪便，配合过滤设备可减少二次污染。

容器隔离法：用小容器盛水喂食，喂食后捞出乌龟并清理排泄物，适用于有砂石或植物的缸体。

直接投喂：

将粪便碾碎后与鱼食混合，喂食白云金丝鱼、清道夫鱼、黑壳虾等冷水鱼，这些鱼类可食用粪便中的营养物质。

鱼缸生态平衡：通过喂食食用粪便的鱼类，可维持鱼缸生态系统的清洁，但需注意鱼类排泄物可能再次污染水质，需配合换水。

三、注意事项

粪便中的寄生虫卵可能对陆龟健康造成威胁，切勿直接喂食陆龟粪便。