很抱歉，目前提供的搜索结果中并未涉及南京宠物托运到日本的具体联系方式。根据现有信息，以下内容供参考：

多格儿宠物托运：南京本地知名宠物托运平台，提供12年服务历史，支持空运和陆运，可联系小经理（电话未明确标注，需通过平台查询）。

悠乐宠物托运：提供空运服务，需联系李经理（电话未明确标注，需通过平台查询）。

可提供南京至日本的一站式国际快递服务，覆盖全球100多个国家，支持门到门服务。联系电话为 400-880-9518，但需注意该信息来自快递公司，与专门的宠物托运机构不同。

建议

若需南京本地宠物托运，优先选择平台保障型服务（如多格儿、悠乐宠物），并提前确认宠物证件（免疫证、检疫证）及运输方式；

若需跨国运输（如南京至日本），建议联系专业国际快递公司（如海龙国际），并咨询具体流程和费用。